Após acessar o painel DirectAdmin, entre em "Recursos Extras" => "Setup Node.js App".
Na página do "Node.js", clique em "CRIAR APLICAÇÃO".
Em "Modo de aplicação" você pode escolher entre "Development" ou "Production", mas é possível alterar depois, em "Raiz do aplicativo" será a pasta onde ficará seus arquivos em /home/seu_usuario, em "URL do aplicativo" é o endereço para acessar o aplicativo, já em "Arquivo de inicialização do aplicativo" você deve colocar o nome do seu arquivo inicial, aquele que será processado ao iniciar o aplicativo. Agora clique em "CRIAR".
Pronto! O aplicativo foi criado e já pode acessar pela url que cadastrou em "URL do aplicativo" ou voltando para "APLICATIVOS WEB" e clicando no link do "Aplicativo URL".
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